Alors qu'il était un Jedi respecté de tous, le comte Dooku quitta l'Ordre Jedi, lorsque son ancien apprenti Qui-Gon Jinn mourrut et lorsqu'il estima que les idéaux des chevaliers étaient attachés par le gouvernement corrompu qu'ils servaient. Dans toutes l'histoire des Jedis, seuls vingts maîtres quittèrent l'ordre. Son départ prit de cour le conseil. Même quand il réapparut en tant que leader du mouvement sécionniste, des maitres Jedis tels que Mace Windu et Yoda continuèrent de penser qu'il était toujour un des membres les plus puissants et les plus honorables de l'ordre.
La dextérité de Dooku dans le maniement du sabre laser était inégalée et ses principes politiques en faisant une des cartes maîtresse de l'Ordre Jedi. Sa valeur en tant qu'instituteur du temple Jedi était reconnue de tous et il transmit son savoir à nombres de jeunes disciples. Mais en voyant la corruption gagner la République, Dooku estima que les jedi trahissaient leurs idéaux en obéissant aux caprices intéréssés du Sénat. Après la bataille de Naboo, Dooku démissionna de l'ordre Jedi et s'exila de son plein gré.
Dark Sidious, le seigneur Noir des Sith, voulut que Dooku remplaçât son ancien apprenti, Dark Maul, qui avait été tué par Obi Wan Kenobi lors de la bataille de Naboo. Sidious trouvait que Dooku était le candidat idéal, car il n'avait pas le temps de former un nouvel élève dès l'enfance. L'incroyable réceptivité de Dooku à la force et sa dextérité à manier le sabre laser en firent un Sith puissant. Rebaptisé Dark Tyrannus, Dooku se mit à travailler secrètement pour Sidious.
La première mission de dooku fut de trouver un guerrier valable qu'il serait possible de cloner en vue de lever une nouvelle armée de soldats. Dooku offrit une grosse prime pour la capture d'un Jedi déchu nommé Komari Vosa (que l'on peut voir dans le jeu Bounty Hunter) puis poussa deux anciens Mandaloriens à se battre pour voir lequel des deux était le meilleur guerrier. Jango Fett obtint la prime et tua son rival Montross( également dans le jeu Bounty Hunter) au cour de sa mission. Dooku avait trouvé son guerrier.
La mission suivante de Dooku pour Sidious mit un terme à son exil. Dès lors,il réapparut, au grand jour pour former la Confédération des Systèmes Indépendants. Rapidement, il rassembla des milliers de systèmes qui s'opposaient à la République et au Sénat corrompu. Afin d'asseoir sa force militaire, Dooku se tourna vers le pouvoirs Corporatifs de la galaxie, et ajoutant la Fédération du Commerce, la guilde du commerce, le Clan Bancaire Intergalactique, le Techno Syndicat et l'Alliance Intercorporation à son groupe immédiatement de formidable armées composées de redoutable droïdes, d'armes destructrice et de vaisseaux spatiaux puissants.